ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2561 ผู้จัดการแข่งขันกล่าวว่าแม้ว่ากระถางคบเพลิงโอลิมปิกจะถูกจุดและดับอย่างเป็นทางการที่สนามกีฬา แต่ในช่วงเวลานอกพิธีการดังกล่าว เพลิงจะถูกย้ายไปยังกระถางคบเพลิงที่แยกต่างหาก (เช่นเดียวกับโอลิมปิกปี 2010 และ 2016) ที่ริมแม่น้ำโตเกียว และย้ายเพลิงกลับมายังกรีฑาสถานแห่งชาติเพื่อทำพิธีปิด ผู้จัดงานอ้าง "ความยุ่งยากทางกายภาพ" ที่ไม่ระบุรายละเอียดในการรักษาคบเพลิงที่สนามกีฬาแห่งชาติแห่งใหม่[29]